Godot не имеет Pixel Perfect.
Я думал что нашёл движок с хорошим пиксельартом, и всё было хорошо пока я случайно
не обнаружил, что в зависимости от размеров экрана (даже в FullScreen режиме)
появляются пиксели разных размеров.


Опять придётся искать движок, который идеально хорош для пиксельарта. Либо ждать, когда поправят это в годоте.