Под управление игрока попадает мать пятерых барсучат, которых нужно кормить и оберегать от опасностей. В своём пути через лес семейство столкнётся с лесными хищниками и стихийными бедствиями. Смогут ли зверьки дойти до конца — зависит от вас.
Эта игра об ответственности. В процессе прохождения игрок начитает ощущать некую эмоциональную привязанность к потомству. В какой-то мере Shelter даёт почувствовать себя родителем.